L'agente responsabile della peste è lo Yersinia pestis, un bacillo che deve il suo nome a uno dei due scienziati che, nel 1894, lo scoprirono: Alexandre Yersin. Visto al microscopio, questo microorganismo appare come una minuscola spilla di sicurezza chiusa, con sacche di materiale genetico localizzate alle due estremità.

Nessuno saprà mai come questo batterio sia apparso sulla Terra; probabilmente si è evoluto in lontane ere geologiche, in mari caldi e salati, allo stesso tempo in cui si sviluppavano numerose altre creature monocellulari. Basandosi sullo studio dei meccanismi che regolano l'interazione tra i microparassiti e gli esseri che li ospitano, è possibile, comunque, comprendere come questo microbo sia riuscito a perpetuarsi attraverso i millenni.

Non sono pochi i microorganismi che vivono in simbiosi con l'organismo che li ospita: gli esseri umani, ad esempio, alloggiano un'abbondante flora batterica nella parte inferiore dell'intestino, sulla pelle, nella bocca, senza che ciò provochi alcun effetto patologico di rilievo. Altri microparassiti, invece, provocano nell'organismo che li nutre o una reazione immunitaria che finisce per ucciderli, o malattie che uccidono sia l'ospite sia, dopo un breve periodo di tempo, gli stessi microparassiti rimasti nel cadavere. Da un punto di vista ecologico, dunque, possiamo affermare che gli agenti patogeni virulenti si sono scarsamente adattati a un ruolo di parassiti.

Questo è certamente il caso dello Yersinia pestis che, provocando quasi sempre la morte dell'organismo che invade, per sopravvivere come specie ha bisogno di passare continuamente da un organismo infettato a uno sano. Ciò autorizza a supporre che questo bacillo si sia conservato (ed eventualmente evoluto) esclusivamente all'intemo di nutrite colonie di roditori nelle quali il continuo proliferare degli animali gli permetteva di perpetuarsi. A garantire il passaggio dello Yersinia pestis, e quindi della malattia, da un ospite all'altro, provvedono insetti che infestano normalmente i roditori e, in taluni casi, l'uomo: le pulci.